En compagnie de Sasuke et de Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école des ninjas du village caché de Konoha, poursuit son apprentissage.
Lors de l'examen de sélection des ninjas de « moyenne classe », ils se font attaquer dans « la forêt de la mort », par un mystérieux ninja, nommé Orochimaru, qui dépose une marque maléfique sur le corps de Sasuke avant de disparaître.